Bioinformatika aplikatif sangat menjanjikan dan telah memberikan kontribusi dalam percepatan riset pada berbagai bidang riset. Meskipun demikian, minat peneliti-peneliti di Indonesia untuk melaksanakan riset terkait bioinformatika masih belum tinggi. Hal tersebut diperlihatkan pada laju akses traffic ke dalam basis data publik internasional masih dibawah 1% (kategori sangat minim) dari total traffic per tahunnya di Indonesia.
Sejak tahun 2012, Pusat Penelitian Informatika LIPI telah membangun fasilitas komputasi berkinerja tinggi atau disebut dengan High Performance Computer (HPC) (http://grid.lipi.go.id) yang bersifat terbuka untuk riset. HPC tersebut merupakan sarana komputasi parallel dengan memanfaatkan klaster komputer berbasis Linux. HPC LIPI dibangun berdasarkan kebutuhan komputasi untuk menyelesaikan berbagai masalah riset dengan tiga pendekatan yaitu (1) menggunakan teori yang kompleks tanpa suatu solusi tunggal untuk menyelesaikan persamaan atau masalah yang hanya dapat diselesaikan secara numeris, (2) melakukan percobaan virtual yang ‘tidak mungkin’ dimana kondisi batasnya tidak dapat dikendalikan, dan (3) melakukan pengukuran atas kebenaran suatu model atau teori.
Untuk meningkatkan pemanfaatan fasilitas komputasi berkinerja tinggi sebagai sarana riset di bidang bioinformatika, Puslit Informatika LIPI yang telah dinobatkan sebagai Pusat Unggulan Iptek (PUI) bidang Informatika bekerjasama dengan PUI Bioteknologi & Bioindustri mengadakan Focus Group Discussion (FGD) yang mengangkat tema “Pemanfaatan Komputasi Berkinerja Tinggi”. FGD tersebut dilaksanakan pada hari Kamis, 7 September 2017 dan bertempat di Pusat Inovasi LIPI, Cibinong. FGD tersebut juga mengundang peneliti-peneliti terkait bidang bioinformatika pada lingkup LIPI seperti Puslit Bioteknologi, Puslit Biomaterial, Puslit Oseanografi dan Puslit Biologi. FGD tersebut mengundang dua narasumber yang memiliki keahlian dalam riset bioinformatika yaitu Dr. Riza Arief Putranto, DEA dari PPBBI dan Dr. Wisnu Ananta Kusuma dari Departemen Ilmu Komputer, IPB.
FGD tersebut dibuka dengan pembingkaian oleh Kepala Puslit Informatika LIPI, Dr. Yan Rianto, M.Eng. Beliau menekankan pemanfaatan secara publik fasilitas komputasi berkinerja tinggi yang dimiliki Puslit Informatika LIPI. “HPC merupakan fasilitas yang harus digunakan untuk riset, bukan untuk praktikum. Pemanfaatan HPC tersebut dapat dibagi menjadi dua. Dalam jangka pendek, fasilitas HPC dapat digunakan untuk riset bersama lintas institusi dalam bidang bioinformatika. Dalam jangka panjang, kami mengharapkan dapat terbentuknya konsorsium resmi dalam bidang bioinformatika di Indonesia“, ujar beliau.
Kepala Laboratorium Komputasi Berkinerja Tinggi, Dr. Rifki Sadikin, menyampaikan profil dari HPC yang dimiliki oleh Puslit Informatika LIPI. Secara umum, sistem HPC saat ini memiliki Master Note (MN) yang berjumlah 4 buah masing-masing 2 MN berada di Puslit Informatika Cibinong dan Bandung. Keduanya mengusung kemampuan 128 GB RAM DDR3-1600 dan penyimpanan hingga 24 TB HD SATA (Raw), RAID 5. Dengan built semacam itu, HPC saat ini dapat digunakan secara operasional oleh lebih dari 75 users aktif dengan berbagai proposal riset dari bidang fisika, geografi, biologi, teknik sipil, bioinformatika, dan sebagainya.
Dalam sesi utama, Dr. Riza Arief Putranto, DEA mempresentasikan kinerja dan capaian riset bidang bioinformatika di PPBBI. Tema yang diangkat adalah “Bioinformatika terintegrasi dalam bidang Bioteknologi dan Bioindustri”. Dr. Riza menyampaikan matriks rencana riset bioinformatika di PPBBI dalam kurun waktu 2016 hingga 2020. “Riset terkait bioinformatika selalu terintegrasi dengan riset yang lebih besar dalam bidang bioteknologi maupun bioindustri. Bioinformatika masih dan akan selalu menjadi pendukung dalam penyelesaikan masalah pada bidang pertanian maupun kesehatan“, ujar beliau. “Salah satu cita-cita saya ke depan adalah terbangunnya basis data lokal dari seluruh sekuen hasil riset selama puluhan tahun di PPBBI yang dapat menjadi sistem penyimpanan data. Syukur-syukur jika basis data tersebut dapat terintegrasi ke dalam klaster GRID LIPI, tentu saja, untuk sekuen-sekuen yang diperoleh dari hasil riset menggunakan dana publik“, lanjutnya.
RAP
