- Galuh Wening Permatasari
Molecular Docking dalam Mendukung Pengembangan Bioherbisida untuk Gulma Tebu
Perkembangan ilmu bioinformatika atau pendekatan in silico saat ini semakin pesat karena dinilai mampu menjawab pertanyaan-pertanyaan terkait molekular secara spesifik dan akurat. Salah satunya adalah metode molecular docking yang telah banyak dimanfaatkan dalam bidang farmasi dan kesehatan terutama dalam skrining senyawa aktif untuk obat-obatan. Namun, metode ini juga dapat diterapkan dalam bidang lain, termasuk pertanian dan perkebunan.
Molecular docking adalah metode yang digunakan untuk menginteraksikan molekul dan protein atau targetnya pada skala atomik secara virtual, sehingga didapatkan karakterisasi molekul terkait dengan sisi ikatan terhadap protein untuk menjawab proses fundamental proses biokima [1]. Pendekatan docking dengan bantuan perangkat lunak mampu menghasilkan berbagai hasil analisa diantaranya: skor afinitas ikatan, bentuk struktur reseptor target, interaksi asam amino yang terlibat, serta visualisasi hasil interaksi ligan dan reseptornya. Metode ini telah lama muncul di pertengahan 1970 [2] dan mulai diperkenalkan ke publik sebagai metode drug discovery menggunakan komputasi oleh Kuntz et al. [3] dengan melakukan beberapa modifikasi yang telah banyak diaplikasikan dalam bidang farmasi dan kesehatan [4,5,6].