Home

: Irfan Martiansyah S.Si. & Dr. Riza Arief Putranto, D.E.A; 10 May 2017

Studi Asosiasi Lintas Genom: pendekatan molekuler baru untuk mempersingkat waktu pemuliaan tanaman

Pemuliaan tanaman identik dengan pekerjaan yang rumit dan membutuhkan waktu lama apabila dilakukan dengan cara konvensional. Studi Asosiasi Lintas Genom (GWAS) menjadikan proses pemuliaan tanaman lebih terarah, efektif dan efisien dengan mempelajari hubungan keterkaitan antara karakter yang tampak (fenotipe) dan gen-gen di dalamnya (genotipe). Fenotipe yang diinginkan oleh pemulia dapat disasar dengan akurat setelah diketahui basa nukleotida penyusun gen yang terlibat dalam ekspresi karakter tersebut.

Pada awalnya, Studi Asosiasi Lintas Genom atau dikenal dengan sebutan Genome-Wide Association Study (GWAS) digunakan untuk mempelajari genom manusia yang terkait dengan gen-gen fungsional penyebab penyakit pada manusia [1]. Para peneliti berusaha untuk mencari penyebab genetis beberapa penyakit kronis seperti kanker, asma, serangan jantung, parkinson, sklerosis, dan diabetes [2-6]. Keberhasilan studi GWAS pertama kali dilaporkan pada tahun 2005, ketika kelompok peneliti menemukan dua SNP (Single Nucleotide Polymorphism) yang berbeda dibandingkan dengan kontrol pada pasien yang mengalami penuaan dini [7]. Hingga tahun 2017, lebih dari 3000 pasien telah diuji melalui pendekatan ini sehingga lebih dari 1800 penyakit berhasil diketahui penyebab dan mekanisme infeksinya [1,8]. Saat ini, Studi Asosiasi Lintas Genom sudah banyak juga digunakan untuk mempelajari penyebab genetik penyakit pada tanaman maupun karakter-karakter fenotipik lainnya yang berguna untuk program pemuliaan tanaman.

: Dr. Riza Arief Putranto, D.E.A; 04 May 2017

Pemanfaatan basis data sekuen dalam riset bioinformatika pada tanaman perkebunan

Genomika tanaman telah mengalami peningkatan jumlah data sekuen yang sangat pesat, terutama dikarenakan revolusi dalam teknologi sekuensing generasi berikutnya. Revolusi tersebut telah mendorong para peneliti biologi molekuler untuk memanfaatkan data yang “menggunung” tersebut dan memberikan makna lebih dibalik sekuen genomika. Saat ini, ketersediaan basis data besar seperti INSDC dan basis data spesifik dapat dimanfaatkan untuk mendorong riset terkait bioinformatika, terutama pada tanaman perkebunan.

Genomika tanaman telah mengalami peningkatan jumlah data sekuen yang sangat pesat, terutama dikarenakan revolusi dalam teknologi sekuensing generasi berikutnya (Next Generation Sequencing, NGS). Dengan keberadaan data sekuen yang “menggunung” tersebut, peneliti biologi molekuler pada masa sekarang mendapatkan tantangan untuk dapat mengidentifikasi fitur dari DNA genomik serta memberikan deskripsi fungsi biologisnya. Tantangan tersebut dijawab oleh Konsorsium Internasional dari Kolaborasi Data Sekuen (The International Nucleotide Sequence Data Collaboration, INSDC dalam situs http://www.insdc.org/) dengan menciptakan interkoneksi diantara basis-basis data sekuen yang ada di dunia seperti GenBank dari National Center for Biotechnology Information (NCBI dalam situs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), DNA Data Bank of Japan (DDBJ dalam situs http://www.ddbj.nig.ac.jp/) dan European Nucleotide Archive (ENA dalam situs http://www.ebi.ac.uk/ena) dari European Bioinformatics Institute (EBI) [1-4].

: Rizka Tamania Saptari, S.Si; 04 May 2017

Organogenesis untuk perbanyakan tanaman hias

Sudah tidak asing lagi, teknologi kultur jaringan telah menjadi solusi penyediaan benih unggul tanaman hias. Salah satu teknik dalam kultur jaringan yang banyak digunakan untuk perbanyakan tanaman hias adalah organogenesis. Teknik organogenesis pun mampu menghasilkan laju multiplikasi yang cukup tinggi untuk produksi benih skala massal.

Prinsip dari organogenesis yaitu menumbuhkan sel atau jaringan meristematik tanaman pada medium tertentu untuk menginduksi terbentuknya meristem unipolar. Meristem unipolar yang dimaksud yaitu tumbuhnya primordia tunas atau primordia akar, yang dipengaruhi oleh hormon auksin dan sitokinin baik endogen maupun eksogen. Teknik organogenesis terbagi menjadi organogenesis langsung dan organogenesis tidak langsung. Pada organogenesis langsung, jaringan yang diinduksi langsung membentuk tunas atau akar. Apabila terbentuk tunas, kemudian dapat diinduksi perakarannya ketika proses pendewasaan. Sedangkan apabila akar yang tumbuh, tunas akan sulit untuk diinduksi. Pada organogenesis tidak langsung, prosesnya melalui tahapan pembentukan kalus terlebih dahulu, yang kemudian diinduksi untuk membentuk tunas.

: Irfan Martiansyah S.Si. & Dr. Riza Arief Putranto, D.E.A; 31 March 2017

Pemanfaatan teknologi liofilisasi (freeze drying) dalam pengawetan sampel

Penanganan awal sampel harus memenuhi cara penanganan yang baik agar meminimalkan kesalahan pengambilan data suatu penelitian. Liofilisasi atau dikenal dengan sebutan freeze drying (pengeringan beku) merupakan metode untuk mengurangi kadar air (dehidrasi) suatu sampel menggunakan prinsip kedap udara (vakum). Teknologi ini memudahkan penanganan sampel biologis berupa protein, mikroba, obat-obatan, plasma sel dan jaringan tanaman dari segi penyimpanan dan pengangkutan tanpa merusak sel yang akan dianalisis.